重大突破：“植物蛋白質(zhì)組學(xué)”樣品制備新技術(shù)來了！

該樣品制備技術(shù)的核心原理其實很簡單：

• 甲醇固定：用甲醇將植物組織（如葉片、花粉）固定到E3或E4 Tips/Filter中的膜上，同時細胞膜變得通透，細胞內(nèi)蛋白質(zhì)凝固，這一步使得后續(xù)加入的還原、烷基化、酶解試劑進入細胞內(nèi)部；

• 濾膜上處理：在E3或E4 Tips/Filter中的濾膜上完成蛋白質(zhì)的還原、烷基化和酶解；

• 質(zhì)譜檢測：酶解后的肽段通過洗脫、脫鹽后，即可進行LC-MS/MS分析，無需額外的復(fù)雜步驟。
  

整個流程實現(xiàn)了 “單容器操作"，不僅省去了機械破碎細胞的過程，還將樣本處理時間從傳統(tǒng)的數(shù)小時縮短到24小時內(nèi)（其中大部分是酶解的等待時間，實際操作時間僅需1-2小時）。

為了驗證 “細胞內(nèi)蛋白質(zhì)組學(xué)" 樣本處理技術(shù)的優(yōu)勢，研究團隊以擬南芥、本氏煙草、玉米、高粱等種類植物為研究對象，將其與傳統(tǒng)的SDS裂解、TFA裂解方法行了全面對比。結(jié)果令人驚喜，新技術(shù)的表現(xiàn)遠超預(yù)期！

蛋白質(zhì)鑒定深度更高、定量準確性和重復(fù)性更好

在葉片樣本分析中，OFIC樣本處理技術(shù)通過單次LC-MS/MS分析，就能從擬南芥葉片中鑒定出約9600種蛋白質(zhì)，玉米葉片中鑒定出8600種蛋白質(zhì)，本氏煙草葉片中更是鑒定出12000種蛋白質(zhì)——這樣的分析結(jié)果遠超傳統(tǒng)SDS裂解方法（通常單次分析僅能鑒定出5000-7000種蛋白質(zhì)）。

分析結(jié)果顯示，OFIC技術(shù)的蛋白質(zhì)組定量分析變異系數(shù)（CV）僅為15%左右，樣本間的皮爾遜相關(guān)系數(shù)接近0.97，遠優(yōu)于傳統(tǒng)SDS裂解方法（CV約20%，相關(guān)系數(shù)0.92）和TFA裂解方法（CV約30%，相關(guān)系數(shù)0.85）。這意味著新技術(shù)能更精準地捕捉樣本間的蛋白質(zhì)表達差異，為后續(xù)的差異表達分析提供更可靠的數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。

對于更難處理的花粉樣本，新方法同樣表現(xiàn)出色：僅需1/10朵本氏煙草花的花粉，或2朵擬南芥花的花粉，就能分別鑒定出8500種和6400種蛋白質(zhì)，而傳統(tǒng)方法往往需要大量花粉才能完成分析，且蛋白質(zhì)鑒定數(shù)量不足5000種。

傳統(tǒng)方法處理植物葉片通常需要至少100mg的新鮮組織，而OFIC新方法僅需1/4片葉片（約25mg）就能完成分析；對于花粉這類微量樣本，新方法的優(yōu)勢更為明顯——僅需微量花粉就能滿足實驗需求，解決了珍稀樣本樣本量少難以分析的困難。

“細胞內(nèi)蛋白質(zhì)組學(xué)"樣本處理技術(shù)的出現(xiàn)，不僅解決了傳統(tǒng)方法的諸多痛點，還大大降低了蛋白質(zhì)組學(xué)樣本處理的技術(shù)門檻。研究團隊表示，這種方法還可應(yīng)用于其他植物組織或其他類型蛋白質(zhì)組學(xué)樣本。